Linux系统集群的安装和并行计算详解 1.Linux安装   安装过程就不多说了。需要注意的是安装时,如果机群不与外界联网则可以不考虑安全方面的因素而把rsh选为可信赖的服务,注意安装相应的软件包;如果还要与外界保持联网,出于安全需要应把ssh选为可信赖的服务。安装以后,应该保证各节点之间能够用ssh相互登录。每个节点的sshd都应该能正常提供服务。主机名:node1…noden (我所构   建的系统n=2)   2.创建NFS服务   在服务器节点public目录下建立mpi目录,并将其配置成NFS服务器,在/etc/exports文件中加入一行:   /public/mpi node1(rw) node2(rw)   在客户端节点的/etc/fstab文件中增加一行:   sever :/pubilc/mpi nfs rw , bg , soft 0 0   将/public/mpi这个目录从服务器节点输出,并装载在各客户端,从而便于在各节点间分发任务   3.修改/etc/hosts文件   将所有节点名称极其ip地址填入。例如:   127.0.0.1 localhost.localdomain localhost   192.168.1.1 node1   192.168.1.2 node2   …………………….   每个节点都进行类似的配置。这样做的目的是使节点之间能够通过node1 … noden的名称相互访问。你可以通过ping noden 或 ssh noden进行测试。4.修改(或创建)/etc/hosts.equiv文件   将所有你允许访问本机进行mpi计算的机器名填入,一行一个机器名。这一步是为了使节点对其它的节点放权。   例如,我的node1是我用于启动mpi集群计算的机器,其他的节点是参与计算者,在node 1的/etc/hosts.equiv文件是这样的:   node1 #给自己放权,这样在只有一台机器时也可以模拟并行计算环境   node2   …..   noden   在node2…noden的/etc/hosts.equiv文件:   node1 #对node1放权   node2   ……   noden  5.修改~/.bash_profile文件   首先决定一个用于启动集群计算的用户名,不提倡使用root进行集群计算。这里在每个节点上建立新用户chief,他们的主目录都是/home/chief,必须采用同样的密码,将来 的计算程序必须放在相同的路径上。譬如你的程序为:fpi.f和a.out,则必须把a.out放在同样的路境内,比如~/mpirun/a.out,每个节点都是如此。 修改~/.bash_profile文件,主要是加入下列几行脚本:   export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin   export MPI_USEP4SSPORT=yes   export MPI_P4SSPORT=22   export P4_RSHCOMMAND=rsh 或ssh   这里我们预定了将来mpich的运行环境安装在目录/usr/local/mpich下面。其余的三个变量是用来通知mpi运行环境采用rsh(或ssh)来作为远程shell。linux的运行环境到此就配置完毕了。6.配置rsh 或ssh   对于采用rsh来作为远程shell运行MPI的用户只要保证在各个节点上都具有相同的用户,并把这一用户的密码设为空密码就可以运行了。   若采用ssh作为远程shell则按如下配置:以你设定的用于启动mpi计算的用户登录,运行ssh-keygen,这将生成一个私有/公开密钥对,分别存放在~/.ssh/identity和~/.ssh/identity.pub文件内。然后进行访问授权,运行:   cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys   chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys   ssh-agent $SHELL   ssh-add   在每个节点重复一遍。试着在某一节点上登录其它节点,ssh noden,则在.ssh/下生成一个known_hosts2文件,里面放着访问该主机的密钥,把所有密钥收集起来,在各个节点上作同样的拷贝。这样做的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。   7.开启各项必需的服务   如果是以根用户root 登陆系统的则可以用ntsysv命令启动ntsysv实用程序。ntsysv 实用程序允许使用简单的菜单界面启动或关闭各种运行等级的服务。在其中我们选择开启rsh ,rlogin,telnet等。也可以关闭一些服务以加快启动速度如sendmail。   如果是使用su命令转为root用户的则很可能运行ntsysv并不出现ntsysvs实用程序。此时可以直接去修改/etc/xinetd.d下的rlogin, rsh ,telenet的设置。用vi编辑器打开xin   etd.d:   vi /etc/xinetd.d   则可看到如下所示的配置文件:   关于rsh的设置如下   # default: off   # description: The rshd server is the server for the rcmd(3) routine and, \   # consequently, for the rsh(1) program. The server provides \   # remote execution facilities with authentication based on \   # privileged port numbers from trusted hosts.   service shell   {   disable = yes   socket_type = stream   wait = no   user = root   log_on_success += USERID   log_on_failure += USERID   server = /usr/sbin/in.rshd   }  关于rlogin的设置如下   # default: off   # description: rlogind is the server for the rlogin(1) program. The server   \   # provides a remote login facility with authentication based on \   # privileged port numbers from trusted hosts.   service login   {   disable = yes   socket_type = stream   wait = no   user = root   log_on_success += USERID   log_on_failure += USERID   server = /usr/sbin/in.rlogind   }   关于telnet的设置如下   # default: off   # description: The telnet server serves telnet sessions; it uses \   # unencrypted username/password pairs for authentication.   service telnet   {   disable = yes   flags = REUSE   socket_type = stream   wait = no   user = root   server = /usr/sbin/in.telnetd   log_on_failure += USERID   }   所有这些服务在安装完系统之后都是默认为禁用的,要进行修改来打开这些服务。如要通过修改启动telenet则就需要改disable = yes为disable = no。对于其他的服务的启动的修改与之相同。若启动这些服务则只需要简单执行:   #/etc/rc.d/init.d/xinetd restart   或重起计算机就可以使所作的更改生效。   C.在服务器节点编译、安装Fortran90编译器   先将Fortran90(我用的是Intel的)编译器拷贝至/tmp下,然后用tar xvfz fortran90 .tar.gzj解压缩。运行   ./install   选择你所要安装的类型,如果你的机器是基于IA-32,就选择1。如果你的机器是基于It anium(TM)-based system就选择2。如果要停止安装,就选择X。选择过之后安回车进入下一步,此时会要求你选择 :1. Intel(R) Fortran Complier for 32-bit Applications,Version 6.0 build 02031   2Z   2. 2.Linux Applicationdebugger for 32-bit Applications,Version 6.0 buid 2002   0   x. Exit   按顺序选择1,2 。最后选择X 完成安装并退出。在选择完1之后会要求你看版权声明,输入Accept继续安装。默认的安装路径为/opt/intel,选择默认路径按Enter继续。选2之后的情形与1相同。如果不注册可以用90天。   D. 在服务器节点编译、安装mpich 1.2.3   将mpich 1.2.4:ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich.tar.gz。拷贝到一个临时目录下,放在/tmp下了。用root用户登录进行编译安装。   1. 对mpich的安装进行预处理:   首先,用tar xvfz mpich.tar.gz解压。生成mpich-1.2.3目录。切换到mpich-1.2.3目录。运行预处理:   ./configure –prefix=/usr/local/mpi –对应于用rsh进行远程登录的系统   ./configure –prefix=/usr/local/mpi -rsh=ssh –对应于用ssh进行远程登录的系统   这里我们通知编译系统mpich的安装位置为/usr/local/mpich,运行环境的远程shell为rsh或ssh。   2.编译:   make   运行此命令后mpich软件包会自动编译形成MPI系统的函数库,需要数分钟的时间,根据不同的机器可以略有不同。   3.安装:   make install   运行此命令可以将MPI软件包安装到由./configure –prefix选项指定MPICH安装目录即/usr/local/mpi修改文件/usr/local/mpi/share/util/machines/machines.LINUX。如下:   node1   ndoe2   ……   ndoen   这一步是通知mpich运行环境都有那些节点可供集群计算。每个节点都这样输入一遍。   4.测试安装是否正确   在/usr/local/mpi/examples/basics下编译cpi.c:   make cpi   用命令行:   ../../bin/mpirun -np 2 cp   运行。将会获得如下信息。   Processes 0 on node1   Processes 1 on node2   ……..………………..   如果能正常运行即证明mpich软件包安装完全成功。

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